Endometriozis (çikolata kisti), adını rahimin iç kısmını döşeyen tabaka anlamına gelen ve her ay adet döneminde kalınlaşıp dökülen “endometrium”dan almaktadır. Normalde rahim iç tabakasında bulunması gereken endometrium’a benzeyen doku, endometriozis hastalarında rahim dışında da bulunmaktadır.
Rahim dışındaki bu endometriozis odakları ağrı ve infertiliteye (kısırlığa) neden olabilmektedir. Rahim içerisini döşeyen endometrium gibi endometriozis odakları da adet döngüsünü yöneten hormonlara yanıt vermektedir. Adet döneminde rahim içerisinde olduğu gibi bu alanlarda kalınlaşma ve kanama olmaktadır. Ancak burada gerçekleşen kanama vücuttan dışarı atılamaz ve birikerek çikolata kistlerini oluşturur. Kanamaların etkisiyle zamanla diğer organlarda (bağırsaklar, idrar torbası) yapışıklık ve hasar meydana gelir.